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 CH-AAEB Archives de l’ancien Evêché de Bâle - Archiv des ehemaligen Fürstbistums Basel (09. sc.-19. sc.)
 Principauté et diocèse - Fürstbistum und Diözese (09e s.-18e s.)
Révolution et Empire (1792-1814)
Principauté de Porrentruy (régences Andlau et Escher) - Fürstentum Pruntrut (Verwaltungen von Andlau und Escher) (1814-1815)
Notaires (1470-1845)
Collections (0878-20e s.)
 J Dons et entrées extraordinaires (1212 (env.)-2006)
J 1 Amweg Anne et Lehmann-Amweg Madeleine, sa fille (documents Gustave Amweg) (1760-1797)
J 2 Folletête Eugène, Mgr ("confession" du comte Ulrich de Ferrette et correspondance) (cote vide) (1275)
J 3 Folletête Eugène, Mgr (collection Folletête) (1212 (env.)-1888)
 J 3/1 Epoque révolutionnaire; divers (1587-1798)
 J 3/2 Correspondance de l'abbé de Raze; divers (1598-1888)
J 3/3 à 5a Ordonnances des princes-évêques imprimées; autres imprimés (1529-1798)
 J 3/3 Ordonnances et autres imprimés (1529-1790)
J 3/4 Ordonnances et autres imprimés (1610-1762)
J 3/5 Ordonnances et autres imprimés (1772-1783)
J 3/5a Ordonnances et autres imprimés (1784-1798)
J 3/6 Documents concernant la famille de Valoreille (cote vide) (14e s.-18e s.)
J 3/7 Copies par Casimir Folletête de documents relatifs aux Troubles dans l'Evêché (1733-1740)
J 3/8 Ordonnances imprimées (affiches) (1611-1792)
J 3/9 Ordonnances imprimées et documents manuscrits (1722-1827)
J 3/10 Réunion de l'ancien Evêché de Bâle au Canton de Berne; transformation du Collège de Porrentruy en Ecole cantonale de Por... (1815-1861)
J 3/11 Divers (1663-1818)
J 3/12 Correspondance de l'abbé de Raze avec le prince-évêque, en copies de Folletête (1751-1760)
J 3/12a Correspondance de l'abbé de Raze avec le prince-évêque et d'autres personnes, en copies de Folletête (1757-1792)
J 3/13 Rengguer - Gobel (1792-)
J 3/14 Serment prêté par le clergé catholique à la Constitution de 1831. Correspondances concernant le Collège de Porrentruy, 1... (1832-1836)
J 3/15 Divers (1212 (env.)-1850)
J 3/16 Imprimés divers (1795-1953)
J 3/17 Lettres de l'abbé de Raze (1750-1783)
J 4 Archives municipales d'Olten (lettre du doyen Morel) (1843)
J 5 Documents concernant Porrentruy (cote vide) (1598-1630)
J 6 Eggimann Charles et Gouvernon Gervais (documents relatifs à la Réforme à Porrentruy) (cote vide) (1515-1602)
J 7 Gouvernon Gervais (legs de la propriété de Champataux à l'orphelinat de Delémont) (1906-1917)
J 8 Lièvre Lucien (documents divers concernant Porrentruy et Bressaucourt) (cote vide) (1780-1782)
J 9 Documents concernant les familles Klöckler, de Valoreille, de Wrede, Coullon, de Zipper d'Angenstein (cote vide) (1555-19e s.)
J 10 Gobat Henriette (collection d'Henri Gobat) (1704-1921)
J 11 Mouttet Henri (collection Mouttet) (18e s.-20e s.)
J 12 Musée jurassien (comptes de la recette de Zwingen) (cote vide) (1630-1830)
J 13 Japy F. et Archives dép. du Territoire de Belfort (fonds Bornèque) (1797-1865)
J 14 Simon Charles, pasteur (tapuscrits personnels)
J 15 Saner Marcel (plan du jardin du château d'Alle) (1800 (env.))
J 16 Joly François (documents concernant Les Bois) (1830-1861)
J 17 Rebetez Ali, Moine Virgile (rénovation de l'église abbatiale de Bellelay) (1926-1964)
J 18 Christe Ernest (plans de Bassecourt, lettre de fief) (cote vide) (1693-1773)
J 19 Krieg Pierre, pasteur (imprimé de l'Officialité de Bâle et affiche concernant la vente des biens nationaux) (1634-1798)
J 20 Saner Marcel (actes de vente du château d'Alle) (cote vide) (1816-1872)
J 21 Boigeol Roger (actes concernant les biens de la famille Bajol) (1579-1822)
J 22 Junod Charles (documents divers de la période révolutionnaire) (1797-1813)
J 23 Archives de l'Etat de Berne (lettre de fief pour le meunier d'Alle) (cote vide) (1730.03.03)
J 24 Ordonnance relative à l'élevage du bétail aux Genevez (cote vide) (1662.04.24)
J 25 Bohy Juliette-A. (lettre de fief concernant Champoz) (cote vide) (1594.05.02)
J 26 Archives de l'Etat de Bâle-Ville (manuscrit concernant Moutier-Grandval, Delémont, Saint-Ursanne, Zwingen, l'Ajoie) (cot... (1753)
J 27 Mieg Philippe (lettre d'achat pour J. Gaulthier, de Cortébert) (cote vide) (1665.07.19)
J 28 Moser Joseph (fonds Moser) (1808-20e s. (env.))
J 29 Documents de la période révolutionnaire (cote vide) (1795-1812)
J 30 Archives de l'Etat de Berne (sommier d'ordres et d'instructions à l'époque du Mont-Terrible et du Haut-Rhin) (1797-1810)
J 31 Rais André (militaires, sujets de l’Évêché de Bâle, prisonniers de guerre en Russie) (1815)
J 32 Rais André (plans de l'ancien collège des Jésuites de Porrentruy) (1795)
J 33 Grossmann M. (documents divers) (1809)
J 34 Hüsser Mme (collection des plaques photographiques Hüsser) (cote vide) (1900 (env.))
J 35 Genevoy Robert (documents divers concernant la Franche-Comté) (15e s.-1814)
J 36 Krähenbühl Charles (documents divers) (cote vide) (18e s.-19e s.)
J 37 Blanchard Raoul (archives de la famille Blanchard, de Malleray) (1552-1971)
J 38 Archives de l'Etat de Bâle-Ville (documents divers concernant Courtemautruy et La Bourg) (1575-1822)
J 39 Archives de l'Etat de Bâle-Ville (Bischöfliches Archiv, restitution de Vienne) (1348-1785)
J 40 Chèvre André (troubles dans l'Evêché de Bâle; copie du Codex diplomaticus) (1728-1746)
J 41 Cote vide
J 42 Gagnebin Bernard (documents divers concernant la prévôté de Moutier-Grandval) (1516-1931)
J 43 Favrot M. S. (documents Favrot) (1793-1856)
J 44 Christe Paul (volumes divers) (1742-19e s.)
J 45 Froté Emile (testament de Jean Joseph Froté) (1809.12.02)
J 46 Schindelholz Georges (travaux d'élèves du Collège de Porrentruy) (1814)
J 47 BCU de Lausanne (papiers des familles de la vallée de Tavannes) (1644-1862)
J 48 Babey Michel (procès entre Glovelier et Bassecourt concernant le tracé des canaux) (1677-1709)
J 49 Gouvernon Gervais (fonds Gouvernon, des Bois) (1595-1901)
J 50 Archives de l'Etat de Berne (actes notariés divers) (1615-1771)
J 51 Bibliothèque universitaire de Fribourg-en-Brisgau (lettre à Pierre Canisius) (cote vide) (1587.04.24)
J 52 Archives départementales du Haut-Rhin (dép. Mont-Terrible; Thann et Vieux-Thann) (1479-1813 (env.))
J 53 Froté Emile (documents de la famille Froté, de Miécourt) (1779-1840)
J 54 Archives de l'Etat de Neuchâtel (lettre du maire Mérat, des Enfers) (1802.02.14)
J 55 Moine Denis (documents concernant Lajoux et Fornet-Dessus; mandements épiscopaux) (1524-1885)
J 56 Froté Emile (documents de la famille Froté) (1773-1851)
J 57 Moine Denis (décret du Grand Conseil bernois) (1832.07.07)
J 58 Archives cantonales vaudoises (livre de raison de David Grison, de Saules) (18e s.-19e s.)
J 59 Rossel Jacques (documents Rossel, Tissot, Houriet, et imprimés) (1628-1873)
J 60 Hornstein Lucie (documents de la famille Hornstein) (1773-1900)
J 61 Moine Denis (imprimés divers) (1743-1828)
J 62 Jeanbourquin Maxime (documents concernant la famille Liomin) (1952-1959)
J 63 Chèvre André (documents concernant Alle) (1713-1741)
J 64 Fonds Xavier Kohler (cote vide)
J 65 Chèvre André (lettre de fief pour le lieu et la courtine de La Motte) (1742.05.07)
J 66 Willemin Ernest (documents concernant Chervillers et le Clos du Doubs) (1790-1895)
J 67 Jacquat Marcel (livre de compte) (1800-1829)
J 68 Gobat Jean-Philippe (généalogies Gobat, Dubois) (1976-1980)
J 69 Jeanbourquin Maxime (documents concernant le Comité de Moutier) (1948)
J 70 Girardin Xavier (1929-1955)
J 71 Correspondance de François Ritter (1955-1958)
J 72 Jacquat Marcel (documents concernant la société d'étudiants "Stella Bernensis")
J 73 Rossemaison pendant la période révolutionnaire (1713-1895)
J 74 Archevêché de Fribourg-en-Brisgau (présentations aux chapellenies de Kaiserstuhl) (cote vide) (1802-1808)
J 75 British Records Association (échange de terres) (cote vide) (1656.01.11)
J 76 Archives de la ville d'Olten (lettre de filiation, passeport) (1780-1810)
J 77 Documents divers (1782-1813)
J 78 Archives départementales de la Haute-Saône (accord entre l'évêque de Bâle et les 13 francs-villages du val de Delémont) (1562)
J 79 Demande d'escorte (1793)
J 80 Jacquat Marcel (lettre de Joseph Trouillat) (1847)
J 81 Archives départementales du Haut-Rhin (répertoire des visites pastorales de 1588 à l'an 13) (1971-1973)
J 82 Mme Gigon Emile (documents concernant le moulin de Miécourt) (1826-1829)
J 83 Richard Hughes (papiers Louis Chappuis) (18e s.-1926)
J 84 Sémon Lily (papiers de la famille Sémon) (1808-20e s.)
J 85 Mme Pétremand Samuel (fonds du docteur Samuel Pétremand) (1744-1956)
J 86 Joliat Jean-Henri (papiers Joliat) (1849-1952)
J 87 Rebetez-Paroz Pierre et Liliane (Jean-Henry Jaquerez (1711-1782), notaire à Saicourt) (1742-20e s.)
J 88 Mme Reymond Eugène (famille Béguelin de Courtelary) (20e s.)
J 89 Gigandet Cyrille (journaux de Jean-Pierre Faigaux, père et fils) (1791-1818)
J 90 Voisard Paul (familles Daucourt et Faivre, de Bressaucourt) (cote vide) (1650-1983)
J 91 Graf Jean-Roland ("Wahrhafter Bericht, dessen so von einer Stadt Biel..." (cote vide) (1792)
J 92 Ruedin Georges (documents divers) (1423-1789)
J 93 Documents divers provenant d'André Rais, ancien conservateur des AAEB (1295-20e s.)
J 94 Etat de Berne (?) (documents divers) (1759)
J 95 Quenet Jean-René (métairie du Mont à Courtételle; documents divers) (1565-1886)
J 96 Chapuis Lucette (C. de la Colombière: Ausserlesene Sinn- und Geistreiche Predigen) (1741)
J 97 Documents Auguste Quiquerez (18e s.-19e s.)
J 98 Papiers des familles Richardguenin, Léo (1615-1776)
J 99 Papiers concernant Jean Jacques Keller (1717-1801), prévôt du chapitre de Saint-Ursanne, et la famille Theubet (1794-1826)
J 100 Lettre d'Adam Philippe, comte de Custine (1742-1793), lieutenant général commandant la force armée dans le dép. du Ht-Rh... (1792)
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FK Fonds Xavier Kohler (12e s.-20e s.)
 Chartes (0878-1803)
Cartes et plans, iconographie (16e s.-19e s.)
GHFAM Généalogie et histoire des familles (1500-1852)
Divers (documents extraits de reliures, objets divers, documents de grand format) (10e s.-20e s.)
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